搜索外科学系源于1935年原中央大学附设医院外科。历经中央大学、南京铁道yL23411永利官网登录、yL23411永利官网登录几个历史阶段。我国著名外科学专家黄懋魁、冷永成、史焕瑶、周性明、周玉篇、吴鼎新、陈怀仁、樊嘉等曾在此教学或任职。黄懋魁、冷永成、汤文浩、刘志勇等外科专家曾担任外科教研室或外科学系主任。
东大外科拥有辉煌的历史。50年代，黄懋魁教授发明的烧伤补液公式，被写进了《外科学》教科书；70年代，周性明教授开展的肾移植，获得了1978年全国科学大会奖；70年代，黄懋魁、陈怀仁教授开展江苏省首例原位肝移植载入我国脏器移植的史册；80年代，冷永成教授开展小耳再造整形，国内独树一帜；80年代，周玉篇教授开展心内直视手术，江苏省内领先；90年代后，体外震波碎石的研究、椎间盘疾病微创手术、不停跳心脏冠脉搭桥、机器人外科手术等技术在省内领先。
外科学系主任为嵇振岭教授，省部级有突出贡献的中青年专家，国务院政府津贴获得者。现任中国临床肿瘤学会肿瘤微创外科专家委员会副主任委员、中华医学会疝与腹壁外科学组委员、中国医师协会胃食管反流病专业委员会副主任委员、中国医师协会疝与腹壁外科专业委员会常委、江苏省医学会外科学分会副主任委员、江苏省医师协会外科学分会副会长、全国卫生产业企业管理协会疝与腹壁外科分会副会长、国际大肠癌学会发起委员会委员、国际内镜疝学会荣誉委员、亚太疝学会执行委员、美国直结肠外科医师学会委员、美国胃肠与内镜外科医师学会委员等。
外科学系副主任为中青年外科专家芮云峰教授和许斌教授。芮云峰教授，Webster Jee 青年学者；江苏省“六大人才高峰”高层次人才选拔培养对象；江苏省 “333工程”第三层次培养对象；江苏省“十三五”科教强卫医学重点人才；江苏省“六个一工程”拔尖人才培养对象。担任美国ORS和ICMRS正式会员，担任江苏省老年医学学会老年骨科学分会主任委员、国际矫形与创伤外科学会（SICOT）中国学会、中国医疗保健国际交流促进会骨科分会创伤学组委员和白求恩公益基金会创伤骨科专业委员会等30个专业委员会委员。许斌教授，江苏省“六大人才高峰”高层次人才选拔培养对象；江苏省 “333工程”第三层次培养对象；江苏省“十三五”科教强卫医学重点人才；担任中华医学会泌尿外科学分会基础研究学组委员，中华医学会泌尿外科分会青年委员会委员、肿瘤学组委员，中国医师协会泌尿外科医师分会医学转化学组委员，江苏省医学会泌尿外科分会青年委员、江苏省医学会泌尿外科分会尿控及女性泌尿外科学组委员，江苏省医师协会男科医师分会委员，南京市医学会泌尿外科学分会、男科分会青年委员，南京医学会医学科研管理分会副主任委员。
外科实验中心主任为陈明教授，江苏省“科教强卫”工程医学创新团队和领军人才，江苏省“六大人才高峰”人才，美国德州大学yL23411永利官网登录、MD Anderson肿瘤中心客座教授，吴阶平泌尿外科医学奖、“金膀胱镜奖”、“江苏省医师奖”、“百姓信任的医疗专家” 、南京地区“十佳医生”等奖项获得者。担任世界华人泌尿外科医师协会副会长，中国医师协会泌尿外科医师分会（CUDA）常务委员，中华医学会泌尿外科学分会（CUA）委员、CUA微创学组秘书长，江苏省医师协会泌尿外科医师分会候任会长、江苏省泌尿外科学分会副主任委员，南京医学会泌尿外科分会主任委员。
目前外科学系包括普外科、泌尿外科、整形烧伤外科、骨科、神经外科和胸心外科等六个专业教研室及外科实验中心。外科学专业是二级学科博士点和硕士点，其中整形烧伤是江苏省医学重点学科，普外科、整形烧伤科、骨科、神经外科为江苏省临床重点专科。外科学入选yL23411永利官网登录985工程Ⅱ期建设学科。
学系目前拥有教授（主任医师）25人，副教授（副主任医师）38人，拥有博士生导师15名，硕士生导师32名。多人入选江苏省“333工程”和“135工程”医学重点人才培养计划以及青蓝工程学术带头人、江苏省“科教兴卫”工程医学重点人才。
外科学系承担博士研究生、硕士研究生及临床医学7年制本科（70%教师采用双语教学）、临床医学5年制本科、卫生系、检验系、医学影像系、高护专业、生医系、劳保医学本科以及各专业成人医学教育的教学任务。近年来承接了大学外国留学生教学任务（英语教学），每年完成教学工作量达60000余学时（学生人数X学时）。与此同时，坚持教学改革，充分运用现代化教学手段，不断提高教学质量。多次获评江苏省精品课程，教学效果优秀，深受学生的好评与喜爱。
1982年本学系成为全国首批硕士学位授予点之一。2010年临床医学成功获得一级学科博士学位授予权，覆盖了外科学系。外科学2011年被批准为二级学科博士点，外科学系每年招收硕士研究生70-80人，博士研究生20余人。本学系与多所海外著名yL23411永利官网登录建立了长期稳定的科教研合作关系，每年与海外联合培养博士研究生2-3人。
本学科多位授课老师先后多次获得高等学校科学研究优秀成果奖、yL23411永利官网登录教学奖、yL23411永利官网登录教学成果奖、yL23411永利官网登录校长奖等多种奖励。先后获得多项教改课题，如江苏省研究生教育教学改革研究与实践课题、江苏省高等教育教改立项研究课题、江苏省普通高校研究生科研创新计划项目、江苏省教育科学“十一五”规划课题等。
近5年外科学系先后承担或参与国家重点研发项目1项，承担或参与国家自然基金23项、省自然基金8项，发表论文500余篇，其中SCI收录188余篇，出版教材、专著10部，获中华医学科技奖、江苏省医学科技奖、江苏省卫计委医学新技术引进奖等10余项，申请国家专利2项。本学系围绕外科领域基础及临床前沿中的基本问题开展研究，基于“精准诊治”及“微创外科”理念，聚焦外科恶性肿瘤的发病机制，开展精准与微创诊疗。本学系与多所海外著名yL23411永利官网登录建立了长期稳定的科教研合作关系。近年来本学系已在以下几个方面形成了自己的研究方向、优势和特色：（1）泌尿系统肿瘤临床及基础研究等；（2）关节与椎间盘的退变机制研究；（3）肝胆胰胃肠道肿瘤的基础和临床研究；（4）器官移植基础研究；（5）颅颌面畸形和缺损的研究；（6）干细胞、组织工程与再生医学的基础与应用研究；（7）肌腱病的病理机制研究等。其中前列腺癌和肝癌的研究获得多项国家自然基金项目资助，并获省科学技术一等奖、教育部优秀成果二等奖等多个奖项。